La fabrication de compost et son épandage sont soumis à une réglementation stricte (analyses des boues entrantes, analyses sur le compost, plan d’épandage et analyses des parcelles, contrôles des usines de compostage par l’État). Le procédé de compostage grâce au mélange des boues et des déchets verts permet de diminuer la concentration de micropolluants présents dans le produit final (principe de dilution).

De nombreuses études sont menées pas des structures publiques (INERIS, IRSTEA, INRAE, CIRAD…) sur le transfert des micropolluants à long-terme (20 ans) depuis les boues vers le compost, les sols et enfin les cultures. Les analyses réalisées depuis 2000 sur différents sites (Paris, Colmar, Bretagne, La Réunion, Sénégal) montrent que des micropolluants sont retrouvés dans les boues (produits organiques, dont pharmaceutiques et minéraux). Les essais sur le maïs et le blé ne montrent pas d’accumulation de métaux suite à l’épandage de compost de boues pendant plus de 10 ans.

En Martinique 100 % des boues de STEU ainsi que des matières de vidanges sont co-compostées avec des déchets verts à l’usine de Terraviva. Il n’y a pas de pratique d’épandage direct des boues de STEU. Le compost est utilisé sur plusieurs exploitations agricoles de canne à sucre.

En France 78 % des boues sont soit compostées, soit épandues directement. Les 22 % restant sont incinérées.

Les principaux apports de micropolluants vers les sols proviennent des déjections animales, des produits phytosanitaires et des engrais minéraux (10 % des boues et compost de boues).